1990年4月，与原著小说无关的女神转生Ⅱ，于FC平台上发售，仍旧是由Atlus开发，Namco发售。这部作品加入了开发者冈田耕史的奇思，建构出了迥异于其他RPG的世界观与特色，不但是以荒废于核战的未来东京市为舞台，描述破坏与再生，并且不再是站在传统善与恶二维观念来描述神与恶魔的对立，更大胆的去试图颠覆了神的正当性。女神转生Ⅱ堪称是奠下女神转生系列故事核心及世界观的一部作品，女神转生系列的基本架构及系统，在女神转生Ⅱ皆已具雏形。而此作开始，主要登场人物及恶魔的造型设定，也改由金子一马开始负责。
 

 

　　由于当时的Atlus只是刚起步的公司，因此在游戏的制作、开发、发行上，受到Namco不少的协助，再加上是由Namco负责发售及宣传本游戏，所以才会在FC版女神转生游戏标题画面，标示着Namco的公司标志。Atlus直到脱离了Namco，自行制作发售了女神转生的作品，才正式将公司名称挂上，之后的女神转生系列游戏名称也才就此附上“真”这个字。

 

　　ATLUS（阿特拉斯）是日本著名游戏制作公司是日本国民级RPG女神转生的制作会社，所以人称女神社。旗下主要有女神转生系列，女神异闻录系列，恶魔召唤师系列，梦幻骑士系列，魔剑系列，豪血寺一族系列，光明骑士系列。代表作品：及斯特拉的众神，公主的皇冠，世界树的迷宫，新世纪勇者大战，奥丁领域等。